一、根據(jù)田間狀況選用。對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因?yàn)榱蚰軞⑺郎锞?。對于翻漿的水田，一般不用撒肥，可采用噴霧的方法，效果更明顯。 

　　二、根據(jù)土壤墑情施用。施用菌肥的最佳溫度是25℃～37℃，低于5℃，高于5℃，施用效果較差。高溫、低溫、干旱條件下不宜施用。同時(shí)還應(yīng)掌握固氮菌適宜的土壤濕度，以60%左右為宜，即見干見濕的土壤最為適宜。 

　　三、不能和其他農(nóng)藥混用，防止活菌致死。注意千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混用，因?yàn)檫@些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時(shí)，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時(shí)，可先施菌肥，隔48小時(shí)后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時(shí)還應(yīng)防止與未腐熟的農(nóng)家肥混用，因?yàn)檗r(nóng)家肥在腐熟的過程中會發(fā)酵，這樣會直接殺死生物菌。 

　　四、與化肥混用，要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學(xué)物質(zhì)對菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混用。 

　　五、用法用量要合理。對于多年來施用化肥的田塊，施用了生物菌肥也不能大量減施化肥和有機(jī)肥，因農(nóng)作物對化肥產(chǎn)生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應(yīng)，因此，其取代量應(yīng)做到第一、二、三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補(bǔ)足，不能減少。 

　　六、施用時(shí)間要合理。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的營養(yǎng)臨界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。同時(shí)對不同作物或同一作物的不同時(shí)期，要選用不同的施用方法。作物葉背茸毛的多少、葉片蠟質(zhì)的厚薄都會影響其使用效果。 

　　七、調(diào)節(jié)土壤酸堿度。資料表明:土壤pH值在6.5～7.5之間時(shí)最適合生物菌的繁殖。菜農(nóng)可根據(jù)自己土壤的情況進(jìn)行改造,讓土壤pH值達(dá)到6.5～7.5,保證生物菌大量繁殖。另外,生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有機(jī)物來實(shí)現(xiàn)的,如果土壤中的有機(jī)肥施用不足,那么它是分解不出養(yǎng)分來的。因此,蔬菜定植前,一定要注意施足有機(jī)肥,一般每畝地施用5000公斤左右。 

　　八、不同種類的菌肥也不宜混用。目前，市場上的菌肥種類很多，其所含的活性菌不同，它們之間是否有相互抑制作用還不是很清楚，若相互抑制，則會降低肥效。